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近几年来，微耕机在农业方面得到很好的应用，但是微耕机在某些方面还是存在一定的问题，值得注意及解决。
一些机械生产企业安全意识差没有质量保证措施生产的微耕机大多质量不过关、性能差、故障率高甚至缺少必要的安全防护设计和安全警示标志。有的微耕机旋耕工作部位没有配装安全防护罩存在一定的安全隐患而且起动拉盘、轮胎、变速箱齿轮及轴承易损坏离合器分离不清机器出现问题后不易维修严重打击了农民的购机热情。
有些生产微耕机的厂家把主要精力放在销售环节上忽视售后服务不仅给农民带来了经济损失也降低了农民购买微耕机的积极性。有的机型配件不容易买到更换零部件甚至要直接联系生产厂家极为不便。在耕作过程中机器出现故障后大多数用户因为缺乏机械知识难以自行修理又不能及时得到专业维修致使农时延误影响了农业生产
还有就是大多数农民文化程度低，机械知识贫乏，难以判断各种微耕机的性能和特点，以及购机时缺乏指导，致使部分农户选型不当，购买到的微耕机由于刀具不匹配或者功率不协调，并不适合本地区的土质要求，并且存在诸多质量问题。
由于微耕机使用培训体系不健全，有些用户没有经过操作培训，使用微耕机时因为操作不当而导致机器坏损，甚至危及到人身安全，同时，由于不懂机器的日常维护和故障处理而造成了经济损失。